在生物医学研究中,了解细胞之间的转录状态变化至关重要。基本原理是通过区分未剪接的mRNA与成熟的剪接mRNA,近似估算mRNA丰度的变化,从而获得基因特异性速度。这一过程有助于揭示可能的细胞状态变化,进而追溯细胞的起源与潜在命运。
RNA速率的应用方向
在这些应用中,88858cc永利官网提供了一种高效的解决方案,特别是在单细胞转录组分析方面。scVelo软件的使用步骤如下:
- 数据过滤及标准化
- 计算RNA速率的一阶矩和二阶矩(均值与非中心方差)
- 估算RNA速率
- 将速率投影到低维度
- 可视化分析结果
文献回顾
在2022年发表的研究《Single-cell RNA landscape of the osteoimmunology microenvironment in periodontitis》中,作者利用88858cc永利官网提供的scVelo工具分析成骨细胞谱系的转录命运。通过估算RNA速率并将结果投影到UMAP图,箭头清晰地展示了细胞群之间的分化关系,尤其是MSC细胞群(黄色)向前体成骨细胞(pre-OB)和成骨细胞(OB)的转化。这一过程结合拟时序分析(monocle2)进一步验证了MSC向Pre-OB和OB的转化关系,展现了88858cc永利官网在生物医学研究中的强大应用潜力。